Porto Empedocle nacque, come approdo marittimo di Agrigento durante la dominazione greco e romana. Il porto dell'antica Città era collocato alla foce del fiume Akragas, presso San Leone. Successivamente alla decadenza di questo Emporium, avvenuta probobilmente dopo l'invasione araba, venne utilizzata per le imbarcazioni la spiaggia dove oggi sorge Porto Empedocle. Il collegamento tra la città e il nuovo porto era garantito da una trazzera che partiva dal quartiere Rabato, ad Agrigento, e finiva alla marina. Gli Arabi se ne servirono non solo per i loro commerci, ma anche per le loro attività militari. Durante tale periodo, lo scalo ebbe un notevole incremento. Le attività commerciali avvenivano soprattutto con l'Africa. I prodotti più esportati erano grano, cereali vari, vino e soprattutto sale. Venivano importati pelli, tessuti, tappeti, generi di abbigliamento. Dopo la conquista dei Normanni, questi scambi con il Nord Africa vennero meno e fu privilegiato il commercio con i porti italiani, specie con Genova, Pisa, Amalfi. Anche durante il periodo svevo, il porto mantenne il suo prestigio ed ottenne diversi privilegi, grazie anche ad un assetto amministrativo più razionale. Nascevano però, intanto, poco distante nuovi porti con cui il nostro entrava in competizione. Una certa parte della produzione agricola dell'interno venne dirottata verso Gela e Licata. Il dominio spagnolo in Sicilia, durato quattro secoli e mezzo, non influì positivamente. Trapani e Mazara, più vicine alla Spagna, vennero fovorite, insieme alla Sardegna. Mentre si intensificavano nel Mediterraneo nuovi traffici, il nostro porto rimase legato esclusivamente all'esportazione di frumento e cereali. Nonostante ciò, nel secolo XIV raggiunse il massimo del suo splendore. Ma durò poco. Già nel XV secolo, col sorgere dei caricatori di Siculiana e Palma di Montechiaro, il molo agrigentino subì una grave crisi, che si aggravò nel XVI secolo, quando diverse epidemie si abbatterono sull'agrigentino e la flotta turca infestava tutta la costa meridionale sicula. Per questo Carlo V ristrutturò l'antica torre costruita a difesa del caricatore di Agrigento. Nel 1725 l'imperatore austriaco Carlo VI ordinò nuovi lavori per la ristrutturazione del molo, che versava in pessime condizioni, e diede nuove disposizioni sul suo funzionomento per avviarne la ripresa. Agli Austriaci subentrarono i Borboni di Sicilia che decisero la costruzione di un vero porto alla marina di Girgenti, con strutture in muratura, là dove prima era stata sempre in legno. Si realizzò un molo della lunghezza di 400 metri. Nei 1853, Ferdinando II decretava l'erezione a Comune autonomo della borgata e gli dava il nome di Molo di Girgenti. Dieci anni dopo, il 4 gennaio 1863, Vittorio Emanuele II, Re d'Italia, autorizzava il Comune del Molo di Girgenti ad assumere la denominazione di Porto Empedocle.